Functional Genomics

Custom Dicer-Substrate siRNAs (DsiRNAs)

RNAi는 target 유전자의 발현을 특이적으로 억제하기 위해 short double-stranded (ds) RNAs를 사용합니다. 세포 내에서는 long dsRNA 가 Dicer에 의해서 2-base 3'-overhangs 를 가진 short 21-23 bp duplexes로 잘리게 됩니다. "small interfering RNAs" (siRNAs) 라 불리는 이러한 RNA는 RNA Induced Silencing Complex (RISC)로 들어가게 되고 상보적인 mRNA를 degradation하는 sequence-specific guide 역할을 하게 됩니다.

기존 방식은 siRNAs 가 21 bp로 합성이 되어 in vivo Dicer의 산물을 직접적으로 흉내 내도록 하였고, Dicer cleavage과정이 없이 지나치게 됩니다. 그러나 최근에 siRNA duplexes가 RISC로 들어 가는데 Dicer가 관계한다고 알려지면서 Dicer와의 interaction 에 필수적인 과정으로 보입니다. IDT사와 Beckman Research Institute of the City of Hope National Medical Center의 김동호 박사와 John Rossi 박사의 공동연구로 개발된 Dicer-substrate RNAs는 합성된 27 bp duplex RNAs로서 Dicer에 의해 21 bp siRNAs로 만들어지게 됩니다. 이렇게 새롭게 디자인 된 RNAi duplex는 같은 사이트에 대하여 기존의 21 bp siRNA보다 10배까지 증가된 효율을 나타냅니다.

27 bp로부터 한 개 이상의 21 bp siRNA가 만들어 질 수 있지만 모두가 효율을 증가시키지는 않습니다. IDT는 효율을 극대화하는 dicing design tool을 개발했으며 웹 상에서 무료로 이용하실 수 있습니다. 이러한 서비스는 IDT에서만 가능합니다.
 

Predesigned DsiRNAs - DsiRNA RefSeq Library

IDT 에서는 RefSeq Genbank collection(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq.) 에서 각각의 human, mouse, rat, cow, dog, chicken and chimp transcriptomes의 약 25,000개 유전자의 322,000개 이상의 pre-designed DsiRNA를 제공합니다. 이 pre-design은 IDT만의 Dicer-substrate specific 한 규칙을 이용한 알고리즘으로 만들어 집니다. 각 sequences들은 cross-hybridization과 off-target effects (Smith-Waterman analysis)를 최소화 하였고 이미 알려진 SNP나 alternative splice exon부위는 제거되고 디자인 됩니다.
 

IDT는 두 가지 종류의 Predesigned DsiRNA duplexes를 제공합니다.

• Splice common: targets all known variants of a gene in RefSeq; duplexes lie only within common exons. This constitutes the bulk of the DsiRNA collection and is the correct choice for most users. 8 -10 duplexes are available for each gene target.
• Splice specific: targets only exons present in specific splice forms. In some cases, the unique exon may be very small or comprise sequence unfavorable for selection of RNAi duplexes (please note that knock-down guarantees do not apply for these sites). This collection is intended for those researchers who have a specialized need to selectively target specific splice variants or isoforms.