CRISPR Genome Editing

CRISPR Genome Editing

(For manipulating eukaryotic genomes)

Cas9 system
Cas 12a(Cpf1) system

Benefits

기존 방식보다 효율적인 RNP 방식의 IDT CRISPR genome editing
고품질의 IDT Alt-R CRISPR RNAs (optimized, nuclease resistant, 100% QC)
효과적인 workflow 와 ready-to-use reagents 로 시간과 비용을 절감
Ribonucleoprotein (Cas9 또는 Cas12a) 으로 효율은 높이고, 면역반응과 독성 그리고 off-target effect는 줄임
Target site 에 따라 Cas 9 또는 Cas12a 을 선택 가능
Transfection 방법에 따라 추가 option 선택 가능
CRISPR genome editing 에서 Cas9 과 Cas12a(Cpf1) System 비교

Alt-R® CRISPR-Cas9 System

CRISPR-Cas9 genome editing 은 Cas9 endonuclease 를 이용하여 genomic DNA의 double-stranded breaks를 만듭니다. Cas9 endonuclease 는 target DNA Sequence (19~20bp) 가 포함되어 있는 CRISPR RNA (crRNA) 와 Universal Sequence 의 Transactivation crRNA (tracrRNA) 를 필요로 하며 두 개의 complex를 이뤄 유전자 편집 기능을 합니다. 절단된 DNA target 은 non-homologous end-joining (NHEJ) 또는 homology-directed recombination (HDR) 등의 과정을 통해 회복되며, 이 과정 중에 sequence mutation (InDels) 이 발생합니다. 
IDT Alt-R® CRISPR 제품군은 CRISPR Genome editing 실험에 최적화 되어 있습니다.
Alt-R® CRISPR-Cas9 system RNP complexes (crRNA;tracrRNA;Cas9) 실험 과정
Overview of Alt-R® CRISPR-Cas9 system experiments for ribonucleoprotein delivery by lipid-mediated transfection, electrophoration, or microinjection

Alt-R® CRISPR-Cas12a(Cpf1) System

CRISPR-Cas12a genome editing 은 Cas12a endonuclease를 이용하여 genomic DNA 에 5'overhang을 갖는 double-stranded breaks를 만듭니다. Cas12a은 target DNA sequence (20~24 bp) 포함되어 있는 CRISPR RNA (crRNA) 만으로 작동합니다. 절단된 DNA target 은 nonhomologous end-joining(NHEJ) 또는 homology-directed recombination(HDR) 등의 과정을 통해 회복되어 modified sequence (InDels)를 갖게 됩니다.
Alt-R® CRISPR-Cas12a(Cpf1) system RNP complexes (crRNA;CAs9) 실험 과정

Alt-R® S.p. HiFi Cas9 Nuclese V3

까다로운 genome editing 에 적확도가 높은 Alt-R® S.p. HiFi Cas9 Nuclease V3
IDT 는 CRISPR-Cas9 applications 에서 흔히 볼 수 있는 off-target editing 문제를 해결하기 위해 High-fidelity, S. pyogenes Cas9 enzyme을 개발했습니다. 재조합 Alt-R® S.p. HiFi Nuclease V3는 wild-type Cas9 보다 향상된 specificity로 CRISPR genome editing 과정에서 발생되는  off-target activity를 크게 줄였습니다. Alt-R® S.p. HiFi Cas9 Nuclease V3 은 대부분의 target sites 에서 off-target effect 는 초대한 줄이고 on-target editing 효율은 90~100% 이상으로 높게 유지합니니다. 
최상의 결과를 얻기 위해 IDT는 Alt-R® CRISPR-Cas9 crRNA 와 Alt-R® CRISPR-Cas9 tracrRNA 를 HiFi Cas9 Nuclease V3 와 함께 ribonucleo protein (RNP) 으식식식으로 delivering 하는 것을 추천합니다. IDT 는 RNP complex transfection (lipofect또on 또는 electroporation) 방식이 가장 높은 CRISPR genome editing 효율을 보인다는 결과를 입증 하였습니다.
Alt-R S.p. HiFi Cas9 Nuclease V3 facilitates near-WT on-target editing potency and significantly reduces off-target site editing. RNP complexes were formed with either Alt-R S.p. Cas9 Nuclease V3 or Alt-R S.p. HiFi Cas9 Nuclease V3, combined with an Alt-R crRNA:tracrRNA complex targeting the EMX1 gene. RNP complexes (4 µM) were delivered into HEK-293 cells via nucleofection. INDEL formation at the on-target locus as well as 9 known off-target sites were measured by NGS (indicated on the y axis in log scale).

Comparison of Alt-R S.p. Cas9 nuclese V3 with its variants

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